Tranh chấp nguồn nước có thể xảy ra trên hệ thống sông quốc tế, như sông Jordan ở Trung Đông, sông ở vùng Lưỡng Hà, sông Mê Kông,... Các nước nắm giữ hồ đập thượng nguồn có thể, do quyền lợi riêng trong vận hành hoặc do ý đồ chính trị, không trả nước vào dòng chảy theo theo quy tắc vận hành bình thường, dẫn đến thiếu hụt nước hay lụt lội ở vùng hạ lưu [18]. Đây là vấn đề đang được quốc tế nỗ lực ngăn chặn.

Mức độ tác động thực tế của can thiệp nguồn nước tùy thuộc lưu lượng nước vốn có ở vùng đập so với ở hạ lưu, và cần được xác định có cơ sở rõ ràng trước khi bước vào cuộc đôi co quốc tế về nước.